David Gordon：カオナシ日記：SSブログ

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David Gordon　[げのむ] [編集]

相変わらず次世代には苦戦中だが目星はついてきた。

次世代シーケンサーの結果をテキストではなく通常のキャピラリーシーケンサーと同様にGUIで見たいと思った。

理由としては原因遺伝子を探すときに患者さんのデータをきっちり自分の目で見て確認してきたからだ。プログラムでざっくりという気持ちにはまだなれない。

そこで10年来慣れ親しんだConsedで見れるようにしようと思った。

ポスドクとして今のラボに来たときの最初の仕事がphred/phrap/Consedを立ち上げることだった。

一応コンピュータも多少は使えるということで採用されたが、Unixに触わったことはほとんどなく、何も知識がないも同然だった。

それでもなんとかインストールし、Read meを眺めつつ、最初に画面が出てきたときは正直ほっとした。

それからゲノム計画中はそれこそ一日12時間くらいConsedの画面と向き合い、今でも使い続けている。

Consedを作ったDavid GordonとCold Spring Harborで会ったのはかれこれ6, 7年前で、その時に「毎日使ってます」と言ったらすごく喜んでくれた。

次の年も会ったので挨拶すると「毎日使ってる人だね」と覚えていてくれた。

今回次世代を使うようになって久々にアップデートし続けているConsedをじっくり見るときっちり次世代にまで対応してきている。

使ってみると実にかゆいところにまで手が届くような仕様になっている。

変異の同定にも昔の機能を改変することで対応している。

ただ、GUIでうごくため相当無理もしているし、僕のかなり早いマシンでも立ち上がるまではもっさりしているし、大量の処理が必要なボタンを押してしまうとハングアップに近い状態になる。

それでも長年見続けていて慣れ親しんでいるConsedで次世代のデータが見れるのは安心感がある。

徐々にそれぞれのソフトの癖もつかんできたし、おそらくConsedをヒトのリシーケンシングに使い続けることはないだろうけど、それでもキャピラリーから次世代の感覚へ移らせてくれたのはCosedのおかげだ。

今回次世代で使うときに久々にDavid Gordonに写真とともにメールを送ったら、すぐに思い出してくれ、質問にも答えてくれた。

今後の改良も約束してくれた。