サンフランシスコ・ひっつき出張（３） [おんも]
20121107
#1
03:00
嫌な感じがして目が覚めると、上唇に慣れ親しんだ違和感が。
はい！口唇ヘルペスです。
スーツケースをがさくりゾビラックス軟膏を塗りたくる。たしかについてそうそうに頑張りすぎたかも。
目が覚めてしまったので、メールをチェックしたりスケジュールを確認したり。
#2
06:40
6時に昨朝同様ホテルの内線で妹を叩き起こしてＹ先生と３人で朝ご飯に向かう。お目当てはご飯が食べたいと行っていたので中華粥。朝霧の中出発です。
#3
06:45
ホテルの近くのPowell St からネットで見つけた楽陶苑 (Happy Chinese Restaurant; 1326 Powell St, San Francisco, CA)へタクシーで向かおうと坂道を歩き出すと、昨日も乗ったケーブルカーが信号待ちでちょうど捕まえられそう。
乗ってみる
うごかない
おっさんが言うにはバス交差点で止まっちゃったから無理とのこと。
あきらめて歩き出したところ単にエンストだったらしく。無事に乗る。
どうも自力で動き出せないらしくトラックに後ろから押してもらってようやく出発。
妹の
「３人ならタクシーのが安いですよね」
は聞かなかったことにする。
#4
07:00
手前のJackson St.で降りてワンブロック歩くと楽陶苑。開いてるか心配したが地元のおっさん、おばちゃんでそこそこにぎわっている。
メニューは全部中国語。
おみせのおばちゃんはまったく英語喋れず。
鳥粥とピータン粥と思われるものを注文するも、出てきたのは鳥粥のみ。
おばちゃんの
「あら間違っちゃったけどいいわよね」
というジェスチャーに
「どんまいっすよ」
とジェスチャーするも
妹からの
「わざと間違ったんじゃないですか？」
という流れに朝から殺伐としつつも微笑ましい感じ。
テンションだだ下がりの妹とＹ先生で粥をいただいていると、おばちゃんが点心を持ってきました。
あれもこれもとオススメするなか、シュウマイとモミジ（鳥の足）の揚げて煮たやつをとる。
シュウマイは普通に旨いが、モミジはアルコールがっつりにさらに辛いというかなり独特なお味。ゼラチンたっぷりなのでお肌のために完食。
#5
07:35
なんだかんだ$30ほど支払って会場に向かう。徒歩20分かタクシーか悩むがタクシーつかまらず。
バス停まで歩いてホテル近くまで移動。
#6
08:00
朝の第一セッション。趣味に走るか、仕事直結か悩んで結局趣味のほう。
ゲノムからエンハンサーとかインシュレーターとかの予測とWetでのバリデーション。
そっか、レトロトランスポゾンが遺伝子内という限定した場所に入らなくてもCTCF binding モチーフ持ってたら相当転写領域から離れてても遺伝子発現パターン変わるよね。くっ、気づかなかった。
#7
10:30
次は今後のためにBig Dataのとりあつかいのセッションに行くも、がっつりシミュレーションと数式。
この辺り弱いので勉強しないとなぁ。
#8
12:45
Agilent のランチョンセミナーでSureSelect V5とHaloPlexのお話聞く。Ｋ教授夫妻とも再会。
なんかズラっと同定できた遺伝子の論文リストとか見てるとちょっとしょげる。
ターゲットリシーケンシングも疾患毎のパネルを作ってガンガン進められていて、展開が早すぎて悔しい。
#9
14:15
ポスター会場に移動。
無事に１年ぶりにMr.に再会し、お土産を渡す。相変わらずエネルギーの固まりのような人。
夕飯の時間を決めて、いざポスター。
JK教授にもようやくお会いし、ポスターと一緒に証拠写真を撮影。
すぐ横にいた妹に絡んでいると妹のボスと、さらにNGS現場の会を陰から支えるＫ田先生（Ｋばっかり）も合流。どうもカニを食べに行くらしいので部外者はそっと離れてみる。
発表者のポスターは写真が撮れないのでメモメモしながら歩く。
あ、Oxford Nanopore Tec.のチェック頼まれてたんだ。
ちっちぇな
思ってたよりもずっとずっと小さい。MinIONは細身の携帯電話くらい。GridIONでも小型のサーバか、独身者用の冷蔵庫ほど。
話を聞くと比較的遠くない時期、年内くらいに発売すると。ちゃんと50 kb 読めるがシークエンスの実データの公開はまだ未定とのこと。
実データをもらえないと、どうも出る出る詐欺の疑いが晴れない。
時間あったら明日も突っ込んでみるか。
その他、長期間にわたって経時で血液からとったDNAを調べて行くと年齢が進むにつれてCNVが出てくるとか、
トランスポゾンて結構うごいんてんじゃね？とか
そして、そして、そして、予想通りにエクソーム解析はすでに旬を超えていて、インフォ解析できるのは当たり前で原因遺伝子を突き止めてもそうそうインパクトも無い。
Nを増やして多因子に突っ込んでいって超高解像度GWASやるか、徹底的に個人毎の経時を追うか、健常人を数万人規模でやるか、最後の難関のLCRに突っ込むか。
まぁ個人的には難関突っ込みだろうな。
エストニアの５万人コホートで４種類の既知の疾患関連のSNPの結果を体重や喫煙歴からリスクを算出して返してるというのは結構重要で、こういうのをもちろんICをとった上で健康診断に活かせるといいよね。
#10
17:00
Mr.のブースに移動して、出発の準備。２年前のワシントンで約束したのに一緒に行けなかったのでＹ先生もご一緒して良いか聞くと予想通りオッケーいただく。電話して合流。
#11
18:00
予約していたイタリアンは最初の５人から８人に増えたので席が足りずに中華に変更。
青菜のショウガ炒め
青菜のニンニク炒め
伊勢海老のパスタ
鳥の甘辛揚げ
牛肉と大根の蒸し物
アサリ入り茶碗蒸し
鳥の蒸し物
などなどたっぷりいただく
道すがら今後の目標やら研究の話やらをしながら皆で歩いて戻る。
Mr.は明日ワシントンD.C.でNIHの研究者相手に製品のプレゼンするらしく飛行場へ。
御歳60才なのにタフさに頭が下がります。
#12
21:00
Ｙ先生が靴下を買いに行くのを見送りながら就寝。
おやすみなさい。
#1
03:00
嫌な感じがして目が覚めると、上唇に慣れ親しんだ違和感が。
はい！口唇ヘルペスです。
スーツケースをがさくりゾビラックス軟膏を塗りたくる。たしかについてそうそうに頑張りすぎたかも。
目が覚めてしまったので、メールをチェックしたりスケジュールを確認したり。
#2
06:40
6時に昨朝同様ホテルの内線で妹を叩き起こしてＹ先生と３人で朝ご飯に向かう。お目当てはご飯が食べたいと行っていたので中華粥。朝霧の中出発です。
#3
06:45
ホテルの近くのPowell St からネットで見つけた楽陶苑 (Happy Chinese Restaurant; 1326 Powell St, San Francisco, CA)へタクシーで向かおうと坂道を歩き出すと、昨日も乗ったケーブルカーが信号待ちでちょうど捕まえられそう。
乗ってみる
うごかない
おっさんが言うにはバス交差点で止まっちゃったから無理とのこと。
あきらめて歩き出したところ単にエンストだったらしく。無事に乗る。
どうも自力で動き出せないらしくトラックに後ろから押してもらってようやく出発。
妹の
「３人ならタクシーのが安いですよね」
は聞かなかったことにする。
#4
07:00
手前のJackson St.で降りてワンブロック歩くと楽陶苑。開いてるか心配したが地元のおっさん、おばちゃんでそこそこにぎわっている。
メニューは全部中国語。
おみせのおばちゃんはまったく英語喋れず。
鳥粥とピータン粥と思われるものを注文するも、出てきたのは鳥粥のみ。
おばちゃんの
「あら間違っちゃったけどいいわよね」
というジェスチャーに
「どんまいっすよ」
とジェスチャーするも
妹からの
「わざと間違ったんじゃないですか？」
という流れに朝から殺伐としつつも微笑ましい感じ。
テンションだだ下がりの妹とＹ先生で粥をいただいていると、おばちゃんが点心を持ってきました。
あれもこれもとオススメするなか、シュウマイとモミジ（鳥の足）の揚げて煮たやつをとる。
シュウマイは普通に旨いが、モミジはアルコールがっつりにさらに辛いというかなり独特なお味。ゼラチンたっぷりなのでお肌のために完食。
#5
07:35
なんだかんだ$30ほど支払って会場に向かう。徒歩20分かタクシーか悩むがタクシーつかまらず。
バス停まで歩いてホテル近くまで移動。
#6
08:00
朝の第一セッション。趣味に走るか、仕事直結か悩んで結局趣味のほう。
ゲノムからエンハンサーとかインシュレーターとかの予測とWetでのバリデーション。
そっか、レトロトランスポゾンが遺伝子内という限定した場所に入らなくてもCTCF binding モチーフ持ってたら相当転写領域から離れてても遺伝子発現パターン変わるよね。くっ、気づかなかった。
#7
10:30
次は今後のためにBig Dataのとりあつかいのセッションに行くも、がっつりシミュレーションと数式。
この辺り弱いので勉強しないとなぁ。
#8
12:45
Agilent のランチョンセミナーでSureSelect V5とHaloPlexのお話聞く。Ｋ教授夫妻とも再会。
なんかズラっと同定できた遺伝子の論文リストとか見てるとちょっとしょげる。
ターゲットリシーケンシングも疾患毎のパネルを作ってガンガン進められていて、展開が早すぎて悔しい。
#9
14:15
ポスター会場に移動。
無事に１年ぶりにMr.に再会し、お土産を渡す。相変わらずエネルギーの固まりのような人。
夕飯の時間を決めて、いざポスター。
JK教授にもようやくお会いし、ポスターと一緒に証拠写真を撮影。
すぐ横にいた妹に絡んでいると妹のボスと、さらにNGS現場の会を陰から支えるＫ田先生（Ｋばっかり）も合流。どうもカニを食べに行くらしいので部外者はそっと離れてみる。
発表者のポスターは写真が撮れないのでメモメモしながら歩く。
あ、Oxford Nanopore Tec.のチェック頼まれてたんだ。
ちっちぇな
思ってたよりもずっとずっと小さい。MinIONは細身の携帯電話くらい。GridIONでも小型のサーバか、独身者用の冷蔵庫ほど。
話を聞くと比較的遠くない時期、年内くらいに発売すると。ちゃんと50 kb 読めるがシークエンスの実データの公開はまだ未定とのこと。
実データをもらえないと、どうも出る出る詐欺の疑いが晴れない。
時間あったら明日も突っ込んでみるか。
その他、長期間にわたって経時で血液からとったDNAを調べて行くと年齢が進むにつれてCNVが出てくるとか、
トランスポゾンて結構うごいんてんじゃね？とか
そして、そして、そして、予想通りにエクソーム解析はすでに旬を超えていて、インフォ解析できるのは当たり前で原因遺伝子を突き止めてもそうそうインパクトも無い。
Nを増やして多因子に突っ込んでいって超高解像度GWASやるか、徹底的に個人毎の経時を追うか、健常人を数万人規模でやるか、最後の難関のLCRに突っ込むか。
まぁ個人的には難関突っ込みだろうな。
エストニアの５万人コホートで４種類の既知の疾患関連のSNPの結果を体重や喫煙歴からリスクを算出して返してるというのは結構重要で、こういうのをもちろんICをとった上で健康診断に活かせるといいよね。
#10
17:00
Mr.のブースに移動して、出発の準備。２年前のワシントンで約束したのに一緒に行けなかったのでＹ先生もご一緒して良いか聞くと予想通りオッケーいただく。電話して合流。
#11
18:00
予約していたイタリアンは最初の５人から８人に増えたので席が足りずに中華に変更。
青菜のショウガ炒め
青菜のニンニク炒め
伊勢海老のパスタ
鳥の甘辛揚げ
牛肉と大根の蒸し物
アサリ入り茶碗蒸し
鳥の蒸し物
などなどたっぷりいただく
道すがら今後の目標やら研究の話やらをしながら皆で歩いて戻る。
Mr.は明日ワシントンD.C.でNIHの研究者相手に製品のプレゼンするらしく飛行場へ。
御歳60才なのにタフさに頭が下がります。
#12
21:00
Ｙ先生が靴下を買いに行くのを見送りながら就寝。
おやすみなさい。
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