モントリオール・ひっつき出張（３） [おんも]
20111012
#1
05:30
起床。学会２日目。メールをやっつけてからシャワーを浴びて、V8を流し込んでから朝ご飯の場所を探す旅に出る。
残念ながらスタバとTim Hortonsしか見つからず。
あきらめてマフィンとポテトとブラックコーヒー。
#2
08:00
最初のセッションはエピジェネティクス。自分の研究と直に関わってないセッションに出るといかに自分の勉強が足りないか痛感する。
#3
09:40
うー。エクソーム解析でmiRNAの変異をリストアップはできるけど、リスクの判定はどないすればいいのやら。
#4
10:20
いつものように会場にコーヒーがあるがどこもからっぽ。あきらめて５階にあがるとどこもかしこもたっぷり。昨日みたいだ。
#5
10:30
Genetic Instability in Development, Aging and Cancerに参加。
ダブルストランドブレークやら何やら。あとはテロメアがらみ。
#6
12:45
イルミナのMiSeqのランチョンセミナーに参加。
1.8 Gb／１ラン
ペアエンド150bpが基本だけど、シングル300bpもできるよ。
400弱のアンプリコン で 96検体 もできるよ
解析はGUIでできるよ「はやり」のクラウドだよ
ぐいぐいくるなあ
ただ、ちょっと気になったのが、最初のプレゼンではmRNA-seqが入ってたのに、その後の２つではバクテリアのde novo、リシークエンシングとアンプリコンだけになったこと
確認必要。
#7
14:00
会場でMiSeqの申し込みカードとTシャツをもらいイルミナのブースに移動。
Ｋ先生と一緒に言われた通りにＴシャツを着ていったが、皆あまり着ていない。
こんな
うしろ
MiSeqあたりますように (￣人￣)
#8
その後ポスター会場に移動。エクソームを中心にsegmental duplicationとバリエーション関連を回る。いろいろ収穫があったが、エクソン１が読めねーよってのは共通の問題。だけど、
エクソン１だけのカスタムシュア と mRNA-seq の両方を足す！
ってのは、まだ金額を考えるとやり過ぎかなと。もうちょっとSureSelectが安くなればルーチンでできるかな。
難解読領域 SureSelect スモールパック 30万
とか出てきたら、MiSeqと組み合わせれば、結構アリかも。
企業ブースをうろうろしているとMr.に再会。
しばし近況の話をして、今回も食事に行こうと約束。土曜の夕飯なり。
#9
16:15
Genomics I: Structural Variationに参加。
昨日も10%の論文でSNP表記のストランドが間違ってるとかあったけれど、データベースのコンファームが結構問題だ。dbSNPsにもおかしなデータたくさんあるしね。
ツールはほぼ bwa --> GATK/samtools に決まってきたけどミスアライメントで出てきた疑似新規SNPsの処理が必須よね。まだまだこの辺りのlocal re-alignmentと補正のツールが足りない感じ。
あと、vcf も構造多型に対応したけど、実際の解析担当としては構造異常の自動化は結構難儀だ。
エクソームのデータからCNVを検出
ってのもいくつか見かけたけど、自分でやるとしたら1KGのデータで補正かけていいのやら悩みどころ
#10
18:15
午後のセッション終了。今日の夕飯は会場内のサブウェイでを購入。
なんか signature のチーズステーキってのにしたら８ドルもした。
と、後ろで
「６番のサンドイッチをくれ（日本語）」
「サイズは６インチのやつ（日本語）」
とガッツリ日本語で注文している方を発見。
店員がいくら英語で聞き直しても日本語の返答。
それでも結局何かしらは手に入れた模様。
スーツ着てバッジをしていたので学会参加者の研究者か臨床の先生と思うが、英語をまったく使おうとしないところがなんとも。
入国の時も日本語で押し通したのかしら？
#11
部屋に戻って、しばし科研費。あまりの眠気に今日は早々と店じまい。
20:30消灯。
おやすみなさい。
#1
05:30
起床。学会２日目。メールをやっつけてからシャワーを浴びて、V8を流し込んでから朝ご飯の場所を探す旅に出る。
残念ながらスタバとTim Hortonsしか見つからず。
あきらめてマフィンとポテトとブラックコーヒー。
#2
08:00
最初のセッションはエピジェネティクス。自分の研究と直に関わってないセッションに出るといかに自分の勉強が足りないか痛感する。
#3
09:40
うー。エクソーム解析でmiRNAの変異をリストアップはできるけど、リスクの判定はどないすればいいのやら。
#4
10:20
いつものように会場にコーヒーがあるがどこもからっぽ。あきらめて５階にあがるとどこもかしこもたっぷり。昨日みたいだ。
#5
10:30
Genetic Instability in Development, Aging and Cancerに参加。
ダブルストランドブレークやら何やら。あとはテロメアがらみ。
#6
12:45
イルミナのMiSeqのランチョンセミナーに参加。
1.8 Gb／１ラン
ペアエンド150bpが基本だけど、シングル300bpもできるよ。
400弱のアンプリコン で 96検体 もできるよ
解析はGUIでできるよ「はやり」のクラウドだよ
ぐいぐいくるなあ
ただ、ちょっと気になったのが、最初のプレゼンではmRNA-seqが入ってたのに、その後の２つではバクテリアのde novo、リシークエンシングとアンプリコンだけになったこと
確認必要。
#7
14:00
会場でMiSeqの申し込みカードとTシャツをもらいイルミナのブースに移動。
Ｋ先生と一緒に言われた通りにＴシャツを着ていったが、皆あまり着ていない。
こんな
うしろ
MiSeqあたりますように (￣人￣)
#8
その後ポスター会場に移動。エクソームを中心にsegmental duplicationとバリエーション関連を回る。いろいろ収穫があったが、エクソン１が読めねーよってのは共通の問題。だけど、
エクソン１だけのカスタムシュア と mRNA-seq の両方を足す！
ってのは、まだ金額を考えるとやり過ぎかなと。もうちょっとSureSelectが安くなればルーチンでできるかな。
難解読領域 SureSelect スモールパック 30万
とか出てきたら、MiSeqと組み合わせれば、結構アリかも。
企業ブースをうろうろしているとMr.に再会。
しばし近況の話をして、今回も食事に行こうと約束。土曜の夕飯なり。
#9
16:15
Genomics I: Structural Variationに参加。
昨日も10%の論文でSNP表記のストランドが間違ってるとかあったけれど、データベースのコンファームが結構問題だ。dbSNPsにもおかしなデータたくさんあるしね。
ツールはほぼ bwa --> GATK/samtools に決まってきたけどミスアライメントで出てきた疑似新規SNPsの処理が必須よね。まだまだこの辺りのlocal re-alignmentと補正のツールが足りない感じ。
あと、vcf も構造多型に対応したけど、実際の解析担当としては構造異常の自動化は結構難儀だ。
エクソームのデータからCNVを検出
ってのもいくつか見かけたけど、自分でやるとしたら1KGのデータで補正かけていいのやら悩みどころ
#10
18:15
午後のセッション終了。今日の夕飯は会場内のサブウェイでを購入。
なんか signature のチーズステーキってのにしたら８ドルもした。
と、後ろで
「６番のサンドイッチをくれ（日本語）」
「サイズは６インチのやつ（日本語）」
とガッツリ日本語で注文している方を発見。
店員がいくら英語で聞き直しても日本語の返答。
それでも結局何かしらは手に入れた模様。
スーツ着てバッジをしていたので学会参加者の研究者か臨床の先生と思うが、英語をまったく使おうとしないところがなんとも。
入国の時も日本語で押し通したのかしら？
#11
部屋に戻って、しばし科研費。あまりの眠気に今日は早々と店じまい。
20:30消灯。
おやすみなさい。
うちの兄ちゃんもそう。
イタリアで日本語だった。(ﾉ∀`)
by molihua (2011-10-17 23:46)